Objektif
* Mengenal, mempelajari, memahami, dan menghayati asas-asas aqidah dan ibadah serta sentiasa bersyukur kepada Allah.
* Dapat membaca Al-Quran dengan baik dan bertajwid serta dapat memahami dan menghayati pengajaran yang terkandung di dalamnya di samping boleh menghafaz surah-surah pilihan
* Membentuk peribadi mulia, berfikiran positif, berdaya kreatif, produktif serta sentiasa berdaya tahan dan berdaya maju.
* Dapat memupuk kemahiran menulis dan membaca jawi serta dapat mempertahankannya.
* Mempelajari, memahami dan memupuk kemahiran berbahasa Arab sama ada secara lisan dan tulisan.
* Dapat melakukan dan menghayati amalan-amalan fardhu ain, fardhu kifayah dan sunat dengan baik menerusi pelajaran amali.
Syarat-syarat kemasukan
* Warganegara Malaysia
* Beragama Islam
* Berumur 7 tahun pada tahun berkenaan
Kurikulum
Umumnya, murid-murid Sekolah Agama Johor adalah murid-murid yang berdaftar dan belajar di Sekolah-sekolah Rendah dan Menengah Kebangsaan. Sekolah Agama Johor pula berfungsi untuk menambah, melengkap dan memperkukuhkan lagi matapelajaran pendidikan Islam. Oleh itu, kurikulum yang disediakan oleh Sekolah Agama Johor hanya menumpukan kepada matapelajaran pendidikan agama sahaja.
Tahap I ( Darjah I, II, III ) Tahap II ( Darjah IV, V, VI )
Ko-kurikulum
Kegiatan ko-kururikulum dijalankan secara berterusan sepanjang tahun di peringkat sekolah, zon, daerah dan negeri. Aktiviti yang dijalankan adalah seperti berikut :

* Pertandingan syarahan Bahasa Arab
* Pertandingan mentafsir ayat Al-Quran
* Pertandingan membaca berzanji
* Pertandingan tahfiz Al-Quran
* Pertandingan tarhim, azan dan iqamah
* Perujian seni khat.
Struktur Pembelajaran
* Hari persekolahan 5 hari seminggu
* Masa pembelajaran: 7.30 - 12.00 tengahari (sesi pagi) 2.00 - 6.30 petang (sesi petang)
* Jam pertemuan: Tahap I - 1 jam 30 minit sehari Tahap II - 3 jam sehari
* Tempoh pembelajaran: 6 tahun
* Jumlah murid bagi setiap kelas: antara 20 - 39 orang.
* Kedudukan umur, darjah dan masa belajar:
Halatuju Sekolah Agama Kerajaan Johor
* Bagi yang lulus, mereka boleh melanjutkan pelajaran ke peringkat Darjah Khas Agama di samping meneruskan pengajiannya Sekolah Menengah Kebangsaan Kementerian Pendidikan
* Berpeluang melanjutkan pelajaran ke Tingkatan 1, Sekolah-sekolah Menengah Agama Negeri Johor